En 1996, le Comité permanent des évêques du Congo a approuvé une nouvelle organisation des études à la Faculté de théologie, qui est entrée en vigueur en octobre de la même année. La réforme a pris son départ du réexamen du programme du département de Théologie et sciences humaines dont le double objectif initial consistait en la formation théologique des religieux et des étudiants laïcs qui ne se destinaient pas à la vie sacerdotale, et en l’inculturation de l’évangile par l’intégration, dans la formation théologique, des sciences humaines attentives au milieu et aux traditions culturelles.
Sans abandonner cette double préoccupation, le Comité permanent des évêques réaffirme que l’Eglise a besoin des laïcs formés en théologie, et souligne que la formation de ces derniers doit être la même que pour les prêtres (à l’exception, bien entendu, des matières liées au ministère sacerdotal). Il n’y aura de programme spécial ni pour les laïcs ni pour les prêtres. Pour tous, il sera le même à tous les niveaux : Graduat, Licence, Diplôme d’Approfondies (DEA), Doctorat.
Par ailleurs, toute la théologie enseignée à la Faculté doit être inculturée ; la formation en sciences humaines intrinsèques à la théologie est imposée à tous les étudiants en théologie et ceci, à chacun des niveaux.
La Faculté de théologie entend non seulement former des spécialistes pour l’enseignement théologique dans les Universités, les Grands séminaires et les Scolasticats, mais aussi assurer la formation des cadres compétents pour l’animation théologique, apostolique, pastorale et liturgique au sein des communautés religieuses et chrétiennes.
Il existe au sein de cette Faculté quatre orientations :
- Biblique
- dogmatique
- morale
- pastorale
La formation de base s’étend sur deux cycles : 3 années de graduat et 2 années de licence. Le programme de licence en théologie peut être complété par celui de l’Agrégation de l’enseignement secondaire du degré supérieur qui habilite le licencié à enseigner dans les écoles secondaires.
Au niveau du troisième cycle, les étudiants peuvent acquérir les grades de Diplômé d’Etudes Approfondies en Théologie, de Docteur en Théologie et de Maître Agrégé de l’enseignement supérieur en Théologie.